Một số khác biệt chính về lý thuyết giữa hệ thống tổng thống và hệ thống nội các:

• Trong một hệ thống tổng thống, nguyên lý trung tâm là hai ngành lập pháp và hành pháp phải phân lập. Điều này dẫn đến các cuộc bầu cử tổng thống được tổ chức riêng biệt và tổng thống được bầu lên để phục vụ trong một hạn kỳ cố định. Tổng thống chỉ bị truất phế khi bị xét xử luận tội và bị kết án là có tội. Ngoài ra, tổng thống không cần phải chọn lựa thành viên nội các để nhận được sự ủng hộ của quốc hội. Trái ngược lại, hệ thống đại nghị, ngành hành pháp được dẫn dắt bởi một hội đồng bộ trưởng do một thủ tướng lãnh đạo. Hội đồng này trực tiếp chịu trách nhiệm trước quốc hội và thường có nền tảng của họ trong ngành lập pháp (không cần biết là quốc hội hay nghị viện)
• Cùng với nhiệm kỳ cố định của tổng thống, ngành lập pháp trong hệ thống tổng thống cũng có nhiệm kỳ cố định và không thể bị giải tán trước thời hạn. Trái ngược lại, trong hệ thống đại nghị, ngành lập pháp thông thường có thể bị nguyên thủ quốc gia giải tán bất cứ giai đoạn sống còn nào của nó, thường thường theo lời đề nghị của thủ tướng, của thủ tướng và nội các, hay của nội các.
• Trong hệ thống tổng thống, tổng thống thường có quyền lực đặc biệt trong việc thông qua các đạo luật, chính yếu dựa vào quyền phủ quyết đối với các đạo luật. Trong một số trường hợp quyền phủ quyết của tổng thống có thể chịu áp lực từ quyền lực của ngành lập pháp, với số phiếu biểu quyết đa số có thể để đánh bại quyền phủ quyết của tổng thống. Tuy nhiên, cực kỳ hiếm có khi tổng thống có quyền lực trực tiếp để giới thiệu luật mới hay tham gia bỏ phiếu cho một dự luật. Vì thế ngành lập pháp và tổng thống được trông mong phục vụ như "kiểm soát và cân bằng quyền lực" của nhau.
• Các tổng thống dưới chế độ tổng thống cũng có thể được trao cho một số lớn quyền lực hiến định để thực thi chức vụ tổng tư lệnh, đây là một chức vị hiến định được trao cho đa số tổng thống. Ngoài ra, quyền lực tổng thống tiếp nhận các đại sứ trong tư cách nguyên thủ quốc gia thường được diễn giải như cho phép tổng thống quyền lực nới rộng hơn để thực hiện chính sách ngoại giao. Mặc dù các hệ thống bán-tổng thống có thể làm giảm xút quyền lực tổng thống trong công việc chính phủ hàng ngày nhưng những hệ thống bán-tổng thống thường cho phép tổng thống quyền lực đối với chính sách ngoại giao.

Những hệ thống tổng tống cũng có ít đảng phái tư tưởng hơn so với các hệ thống đại nghị. Đôi khi ở Hoa Kỳ, các chính sách được hai đảng yêu chuộng thì cũng tương tự như nhau (có chút ít phân cực). Trong thập niên 1950, vào thời gian Lyndon Johnson làm lãnh tụ đảng Dân chủ tại Thượng viện Hoa Kỳ, các đảng viên Dân chủ ở Thượng viện Hoa Kỳ gồm có những thành viên cực hữu như Harry Byrd và Strom Thurmond, và những thành viên cựu tả như Paul Douglas và Herbert Lehman. Hình mẫu này không có được ở các nền dân chủ theo tổng thống chế ở châu Mỹ La-tinh.

Những nhân tố chồng chéo

Trong thực tế, các nhân tố của cả hai hệ thống nằm chồng chéo lên nhau. Mặc dù một tổng thống trong tổng thống chế không phải chọn lựa 1 chính phủ "hợp ý" với ngành lập pháp nhưng ngành lập pháp có thể có quyền lực xem xét sự bổ nhiệm các quan chức cao cấp của ngành hành pháp, đôi khi có thể ngăn chặn sự bổ nhiệm một quan chức nào đó. Tại Hoa Kỳ, nhiều quan chức được đề cử vào những vị trí cao cấp trong ngành hành pháp phải được Thượng viện Hoa Kỳ xác nhận trước khi nhậm chức. Ngược lại, mặc dù hợp ý của quốc hội, một nội các đại nghị chế có thể lợi dụng các viên chức tổ chức đảng trong quốc hội (các viên chức tổ chức đảng có quyền bắt buộc các đảng viên trong đảng bỏ phiếu theo ý của đảng mình) để kiểm soát và chi phối quốc hội, làm giảm khả năng của quốc hội trong việc kiểm soát chính phủ.

Một số quốc gia như Pháp đã biến chuyển đến cấp độ mà chúng không còn được gọi chính xác là có chính phủ theo thể chế tổng thống hay đại nghị, và vì vậy được xếp loại là bán-tổng thống chế.